会社売却とは？
会社の売却には、「株式譲渡」と「事業譲渡」の2種類があります。まず株式譲渡は、対象会社株式を保有する人（個人か法人）がその株式を売却する方法を言います。
経営者が自らの資金で会社を設立した場合、その会社の株式をすべて保有し経営権も持っているため、この株式を他者にすべて売り、経営権を移すことで会社を売却したことになります。
事業譲渡とは、会社を丸ごと売却するのではなく、会社で行っている複数の事業の内の1つ、または複数を売却する方法です。この場合、売却するのは株式ではなく、事業に紐づく技術や人材、設備などとなります。
また、株式譲渡の場合は売主が個人であるケースが多いですが、事業譲渡の場合、法人から法人へ事業を売却することがほとんどであるため、資金を獲得するのは個人ではなく法人となります。
株式譲渡による会社売却でかかる税金
株式譲渡はほとんどの場合、売手が個人となりますが、売手が法人の場合もあります。例えば、親会社が子会社の法人を売却するケースがこれに該当するものです。子会社の株式を譲渡することで、経営権を渡す代わりに資金を得ます。
また、株式譲渡にかかる税金は株主が個人か法人かによっても異なります。そこで次に、株式譲渡にかかる税金について、売手が個人の場合と法人の場合にわけてそれぞれ紹介していきます。
売手が個人の場合にかかる税金
売手が個人の場合、株式を売却して得た利益に対して所得税と住民税がかかります。株式の売却によって得た利益は「株式にかかる譲渡所得」と呼ばれ、次の計算式で金額が計算できます。
株式にかかる譲渡所得の金額＝
売却価格（純資産+営業権など）-必要経費（取得費やM&A委託会社などへの仲介手数料等）
個人が売却した場合の譲渡所得は分離課税方式と呼ばれ、通常の事業所得とは別に一律の税率で課税されます。
そのため売手が売却した会社とは別に事業を行っていた場合、その事業が赤字だったとしても、事業所得の黒字を相殺できないため注意しましょう。
譲渡所得の税率は20.315%（所得税15.315％+住民税5％）です。例えば売却価格が2億円、取得費が2,000万円、その他経費が1,000万円のような状況では、次のように税額が求められます。
株式にかかる譲渡所得の金額＝
2億円-（2,000万円+1,000万円）＝1億7,000万円
株式の売却益に対する税額＝
1億7,000万円×20.315%＝3,453万5,500円
株主が法人の場合にかかる税金
株主が法人の場合、株式の売却益と事業の黒字（赤字）をプラスした全体の利益に対して法人税がかかります。なぜなら、事業承継の手段として株式を譲渡することで利益が発生するのであれば、それは税務上の利益と計算され、事業で得た利益と変わらないからです。
また、株式にかかる譲渡所得の金額の計算方法は個人が売手の場合と同じですが、税金に関しては総合課税方式であり、法人で得た他の所得と同じように課税されます。法人税の税率は規模や利益によって異なりますが、平均は30%ほどです。
例えば、売却価格が2億円、取得費が2,000万円、譲渡費が1,000万円のような状況では、次のように税額が求められます。
株式にかかる譲渡所得の金額＝
2億円-（2,000万円+1,000万円）＝1億7,000万円
株式の売却益に対する税額＝
1億7,000万円×30%＝5,100万円
※本来所得は法人全体で計算するものであり、実際には株式譲渡を行った期の所得を合算して税率を掛けます。また、税率も会社ごとに異なりますので、こちらはあくまで参考程度に考えてください。
事業譲渡による会社売却でかかる税金
事業譲渡により会社を売却する場合は法人間でのやりとりとなるため、税金も法人に課されます。大きなものとしては「法人税」と「消費税」があり、そのほかに「住民税」と「事業税」も課税されます。
また、事業譲渡の場合も売却益に対して課税される考え方は同じです。なお、不動産や有価証券のほかにも、営業権や取引先、会社のブランドなど目に見えない資産も一体として考えてください。では次の項目で詳しく見ていきましょう。
法人税
事業譲渡は法人間でやりとりを行うものであり、売手の会社に売却益が発生するため、考え方としては法人が株式譲渡を行った場合と同じです。事業の売却価格から、取得費や売却するためにかかった経費や負債などを差し引いた利益に対して課税されます。
事業譲渡の場合は基本的に「営業権＝譲渡利益」とも考えられます。法人税の税率は規模や利益によって変わりますが平均は30%程度です。一方、譲渡対価が譲渡した各資産の譲渡直前の帳簿価額の合計額を下回ると、その下回った分が譲渡損失となり、他の利益と相殺することなどもできます。
なお取得費に関しては、どのようなものを売却するかによっても考え方や金額の求め方が変わるので注意してください。具体的にどう求めればいいか不明な場合には、税理士やM&A DXのような仲介会社などの専門家に相談しましょう。
消費税
株式譲渡と事業譲渡でかかる税金の大きな違いとなるのがこの消費税です。株式譲渡の場合は株式の売却が行われますが、その性質上消費税の課税対象にはなりません。
しかし、事業譲渡の場合は、事業を行うための設備などを売却するため、消費税の対象となります。
ただし、土地や売掛金、有価証券などは消費税の課税対象ではないため、事業譲渡の中にこれらが含まれていた場合は、除外した上で計算を行います。
消費税率は増税後10%となっているため、例えば、土地や有価証券などの消費税対象外となる資産を除いて1億円で事業譲渡した場合は1,000万円の消費税が課税されます。
このように、消費税とはいえ1,000万円単位で税額が増加する可能性もあるため、事業譲渡を行う際には消費税の金額も忘れずにシミュレーションしましょう。
住民税
法人の住民税は、法人が事業所のある地方自治体に対して納める地方税のことを指します。法人税と同様所得に対して課される税金で、事業譲渡により所得や従業員数が増えることで額が増加する可能性がありますので、しっかりチェックしましょう。
法人住民税は以下のような計算式で求められます。
法人住民税＝法人税割+均等割
法人税割とは法人税の金額に、法人の規模によって決められている税率をかけて計算を行います。
法人住民税には都道府県民税と市町村民税の2種類があるため、間違えないようそれぞれに納めましょう。税率は令和元年10月1日以降に開始する事業であれば、都道府県税が1%、市町村民税が6%です。
均等割は、各地方自治体で法人の資本金や従業員数に応じて納税額が決まっています。例えば東京23区では資本金1,000万円以下、従業員数が50人以下であれば、都道府県税相当が2万円、市町村税相当が5万円です。
また、資本金額や従業員数が増加するにつれ金額も上がるため、申告を行う場合は各自治体のホームページを参考に、自社ではどの程度の金額になるかを確認してください。法人税割と均等割の金額がわかれば、これらを合算した額が住民税となります。
事業税
法人の事業税は都道府県に対して支払う地方税です。法人が事業のために利用する公共サービスや施設を利用するための費用を負担するために課税されます。
事業税は法人税と同じく、所得のみを基準として課税されるのが特徴です。法人事業税は、以下の計算式によって求められます。
法人事業税=所得×法人事業税率
法人事業税率は、事業開始年度や法人のタイプ（普通法人か特殊法人か）、所得額によって税率が決定します。こちらも住民税と同様に都道府県によっても税率が異なるため、申告する場合は各自治体のホームページで最新情報をチェックした上で計算を行ってください。
例えば、東京都の法人事業税率は普通法人で令和元年10月1日以降に開始する事業であれば、年400万円以下の所得で3.5%、400万円超～800万円以下は5.3%、800万円超は7%となっています。また法人事業税は「損金算入」を行うことも可能です。
損金算入とは、法人が営業活動のために使った費用（例えば人件費や減価償却費）を損金として計上することを言います。この損金算入が認められれば、利益を圧縮することができ、ひいては納税額を抑えることができます。
事業譲渡を行う場合の注意点
事業譲渡を行う場合にチェックしてほしい点として挙げられるのは、譲渡の対象に不動産がある場合と、事業譲渡の収益を個人で受け取る場合です。まず不動産が含まれているケースでは、買手は登録免許税や不動産取得税が課税されます。
登録免許税は土地の価格×15/1000、不動産取得税は不動産の価格×3/100で計算できます。譲渡対象に土地が含まれる場合は所有権移転登記も必要となりますので注意しましょう。
次に事業譲渡は法人間で行われるケースがほとんどですが、売主が個人事業主の場合、事業譲渡によって得られる収入にも当然、税金がかかります。
この場合は、経営者個人が利益を得ることになるため、個人の株主が株式譲渡を行う場合と同様に、所得税や住民税が課税されます。
また、このときの税率は株式譲渡のように一律ではなく、総合課税となる所得と、分離課税となる所得にわかれます。
このように所得税の計算は複雑ですので、これらの所得税額を計算するには、税理士などと連携して進めることをお勧めします。
会社売却で株式を発行会社に売却（自己株式取得）する場合
個人・法人に関わらず、株式を株式の発行会社に売却する取引は、発行会社から見ると自己株式の取得と見なされます。その場合、支払われる金額は税務上の配当、つまりみなし配当として取り扱われます。
みなし配当とは、株主が会社から配当金を受け取っていないにも関わらず、受け取ったとみなされて課税されることを言います。株主に対して会社から利益の分配があったとみなされることから「みなし配当」と呼ばれています。
これは個人法人に関わらず所得・利益となるため、それぞれに税金が課されます。では個人と法人ではそれぞれどう課税されるか、詳しく見ていきましょう。
個人が株式を発行会社に売却する場合
所得税法によれば、みなし配当は配当所得に区分され、譲渡所得とはわけて総合課税として確定申告が必要となります。
譲渡したのが上場株式ならば、所得税と住民税と復興特別所得税を合計した割合は20.315％です。
譲渡したのが非上場株式の場合は20.42％が源泉徴収され、配当所得は他の所得と合計して、その金額に応じて、約15％～55％の所得税及び復興特別所得税・住民税が課税されることになります。
ただし、確定申告をする際に配当控除を受けられます。配当所得は最大で10%の配当控除が使用できるほか、通常の株式配当と同様に源泉所得税も控除されます。
また、相続により取得した非上場株式を発行会社に譲渡した場合、特例を受けることができます。
この場合、発行会社から交付を受ける金銭の全額が非上場株式の譲渡所得に係る収入金額となり、その収入金額から譲渡した非上場株式の取得費及び譲渡に要した費用を控除して計算した譲渡所得金額の15％（平成25年～令和19年までは復興特別税2.1%加算）に相当する金額の所得税が課税されるだけで済みます。
法人が株式を発行会社に売却する場合
株式を発行法人に譲渡した法人のみなし配当は税務上、受取配当金という扱いになり利益としては計算しない部分が発生します。
具体的には決算までは一般的な株式譲渡として会計処理を行い、決算時にみなし配当に相当する金額につき税務上益金不算入規定（支払法人側で課税済の配当につき、その受取法人側で再度課税する法人税の二重課税の排除を目的とした規定）を適用し、税務申告書を作成します。
会社売却でそのほかにかかる税金は存在する？
ここまでさまざまな立場やケースに合わせて主な税金を紹介してきました。しかし、初めて会社売却を行う方にとっては、株式の売却益や譲渡される資産のほかにも、まだ税金の対象となるものがないかが気になるところです。
そこで次に、会社売却を行う際に課税される主な税金のほかに、課税の対象となるものは存在するのか、また存在するのであればどの程度課税されるかについて紹介します。
印紙税
株式を売却する場合、契約書を作成することが多くあります。この株式譲渡契約書は印紙税法で定められている課税文書には該当しないことから、印紙税はかかりません。
一方、株式譲渡契約書には印紙税が求められないのに対し、事業譲渡契約書には印紙税がかかります。
記載された契約金額が1万円未満なら非課税、10万円以下なら200円ですが、5千万円を超え1億円以下なら6万円、1億円を超え5億円以下なら10万円、5億円を超え10億円以下なら20万円と高額になります。
また、細かい点ですが、法人株主が株式を売却した際の代金の領収書に関しては、価格が5万円以上になった場合には印紙税法における課税文書に該当し、200円の印紙税が課税されます。
不動産取得税
事業譲渡を行う際に対象物として土地や建物などの不動産が含まれる場合は、不動産取得税などが課税されます。
そこで気になるのが、株式譲渡による会社売却を行った場合の不動産取得税はどうなるかということです。
これについては、結論から言えば不動産取得税はかかりません。なぜなら、不動産取得税とは、一定の要件のもと不動産の購入者に課税されるものだからです。
株式を売却すると会社の株主は売手から買手に変わりますが、不動産の所有者自体は法人のままであるため、不動産取得税はかかりません。
ただし、売手が個人の場合、個人名義で対象会社の事業用不動産を所有しているケースがあります。
このとき売手個人から買手側が事業用不動産を買い取る場合は、所有者が変わることになるため、不動産取得税が発生します。
会社売却でできる5つの税金対策
ここまで見ると、会社売却のために株式譲渡や事業譲渡を行うと、多くの税金を支払わなければいけないことが分かるかと思います。また、会社売却の代金は高額になるケースが多く、税額も比例して高額になることが予想されるでしょう。
しかし、株式譲渡や事業譲渡にかかる税金に対しても、節税対策を行うことは可能です。そこで次に、税金対策として役立つ方法をいくつかにわけて紹介します。
役員退職慰労金の活用
法人株主が株式譲渡により子会社を売却した場合、株式売却益に対して法人税がかかります。しかし、会社経営者が売却と同時に退任する場合であれば、この株式売却益に相当する金額を退職慰労金として経営者が受け取ることも可能です。
これにより会社では株式売却益を経費と相殺できるため、売却益と役員退職慰労金を相殺させることで節税ができます。
もちろんこの場合は、経営者個人に所得税がかかりますが、退職金の所得税はその他の所得税よりも税率が優遇されているところがポイントです。退職所得の所得税は以下の計算式から求められます。
退職所得にかかる所得税＝
（退職金支給額－退職所得控除額）×1/2×税率-控除額
なお控除額は以下の通り求められます。
勤続20年以下＝40万円×勤続年数
勤続20年以上＝800万円+70万円×（勤続年数-20年）
例えば株式の売却額が1億円だったとします。経営者は勤続40年であり、株式の売却額の内5,000万円を退職金として支払った場合、まず経営者の退職所得にかかる税額は以下の通りになります。
所得控除額＝800万円+70万円×（40年-20年）＝2,200万円
退職所得にかかる所得税＝（5,000万円-2,200万円）×1/2×40%-279万6,000円＝280万4,000円
次に経営者に渡した分を差し引いた場合の法人税に上の所得税をプラスしたものと、全額を売却額として受け取った場合の法人税を見比べてみます。
経営者に一部を渡した場合：5,000万円×15.315%+280万4,000円＝1,046万1,500円
全額を売却額として受け取った場合：1億円×15.315%＝1,531万5,000円
このように、全額を売却益として受け取るよりも、一部を経営者の退職金として当てた方が、490万円ほど節税できることが分かります。ただし、この節税方法ではいくつかポイントがあります。
まず退職所得に対する税率は累進課税であり、退職金額によって5～45%で推移します。そのため退職金が高額であり、勤続年数が短い場合はかえって所得税が高くなる可能性もありますので、事前にしっかりと確認してください。
また、退職金は現金で支払いを行うため、会社の現金が少なくなり、会社の状況によっては資金繰りが悪化する可能性もあります。くわえて役員退職金が不相当に高額であった場合は経費として認められないので、注意しましょう。
会社分割を行う
会社分割とは、会社の一部や全部の事業を切り離し、別の会社へ引き渡すことを言います。M&Aの方法の1つであり、グループ企業で組織再編を行う際に利用されることが多くなっています。
会社売却を行う場合、買手がほしがらない資産が含まれていることがあります。例えば、会社名義となっている経営者の車や社宅の土地などは経営者が今後も使っていきたいものですが、買手にとっては不要なものです。
この際に、会社分割でこれらの資産をわけることができれば、買手は不要な資産にお金をつぎ込まずにすみます。
つまり、売手からすると売却価格を抑えることができるため、節税につながります。また経営者としても、依然として車や社宅の土地を所有できるようになるため双方にメリットがあります。
役員報酬を利用する
自らが経営する会社を売却したときには、すぐに会社を退任せずに一定期間で引き継ぎなどを行うことがあります。また、買手や売却した会社側の資金が不足していて、一括で支払うことができない場合もあるでしょう。このようなときは、役員報酬を利用して対価の一部を支払う方法も考えられます。
配当金を受け取る
退職金や役員報酬以外の方法として、配当控除が適用されるよう、事前に配当金を受け取ることにより、支払う税負担を軽減する方法もあります。ただし、自分以外に株主がいる場合はその人にも配当金を支払わなければなりません。また、株式を発行会社に売却する場合と同様に剰余金の分配可能額に関する規制があるため、それに従う必要があります。
第三者割当増資を利用する
会社の売却ではなく、経営権のみを譲渡する場合では、第三者割当増資を利用して出資してもらうこともひとつの方法です。売却する会社が資金不足に陥っている場合には、有効な手立てになるものと考えられるでしょう。ただし、この方法では相手側は持分比率を100%にすることができないため、株式の取得と合わせて利用するのに適しています。
会社売却で節税対策を行う場合の注意点
会社売却で得られる利益は高額になることも多く、それに比例して税額も高額になりやすいため、節税対策は少しでも支払いを減らせる手段として非常に有効です。
そこで次に節税対策を行う上で、少しでも損を減らすために注意しておきたいポイントについて紹介します。
また、節税を行う場合はリスクを伴う可能性もあるため、これらの注意点についても併せて紹介します。
財産の移動でも税金は発生する
先ほど事業譲渡を行う場合、契約書には印紙代がかかったり、譲渡対象資産に不動産があると不動産取得税や登録免許税が発生したりすると紹介しました。
このように事業譲渡を行う場合は財産を移動するだけでも税金が発生する可能性があります。また、移動する資産の額も高くなるため、それに伴う税金も高額になりやすいので注意してください。
そのため会社売却やM&Aを検討する場合は売買金額にだけ注目するのではなく、節税という観点からも検討を行いましょう。その際、複数の売却方法を検討するのがおすすめです。
ここまで見てわかるように、株式譲渡と事業譲渡だけを見ても、発生する税金の種類や内訳が大きく異なります。
方法の違いによってかかる税金に大きく差が生まれるケースもありますので、売却方法別にシミュレーションを行い、最も税金が少なくなる方法を選びましょう。
なお会社売却は株式譲渡や事業譲渡のほかにも方法があるため、M&A DXなどのM&Aに関する豊富な知識を有する専門家にアドバイスをもらいながら、方法を検討するのがおすすめです。
追徴課税されるリスクに注意する
会社売却に伴い、節税対策を行う場合は税務リスクがあることを承知した上で行ってください。税務リスクとは将来いつか税務調査が行われ、節税対策のために行った行為が否認されることで追徴課税されるリスクのことを言います。
会社売却では収入が数億円から数十億円にもなるため、いかに節税するかに頭がいきがちですが、万が一節税の手順や方法自体を間違え、それを税務調査で否認されてしまうと、節税額以上の大金をのちに追徴課税される可能性もあります。
また、買手から見れば株式譲渡により事業承継し、会社を運営することは、その会社の税務リスクを引き継ぐことにも繋がります。買手はM&Aを行う前に、売手の税務リスクをしっかりと調査し、事業承継を行った後に自社の事業へマイナスな影響を与えるようなものがないかを確認してください。
なお、事業譲渡や会社分割を活用する場合は、買手が税務リスクを引き継がないことも可能です。そのため、税務リスクは高いもののM&A自体は行いたい場合などに、1つの方法として事業譲渡を検討するといいでしょう。
会社売却にかかる税金の納付時期
会社売却で得た利益にかかる税金はしかるべき時期に納付しなければいけません。しかし、税金を支払うタイミングは個人と法人によっても異なります。特に会社から退いた経営者は支払いが法人から個人に変わることで、支払い時期も変わります。
もし、申告や支払い時期が遅れた場合は、のちに延滞税を収める必要が出てきます。それぞれに納付時期をしっかりと確認し、確実に支払いを行いましょう。
個人の場合
会社売却で得た利益を経営者個人が受け取る場合、支払いが必要となる譲渡所得にかかる所得税・住民税は個人に対して課税されます。そのため確定申告のタイミングで税金の支払いを行ってください。
またその年（1月1日から12月31日）までに生じた所得に関しては、翌年の2月16日から3月15日の間に確定申告を行います。
そのため、例えば年度末である2021年3月に会社売却を行い利益が発生した場合、確定申告を行うのは翌年の2022年の2月16～3月15日となり、所得税の支払いもこの時期となります。
つまり売却の時期によっては、所得税を支払うまでに1年ほど待つことになります。売却益を得てから確定申告を行うまでにすべてを使い切らず、納税のためのお金を確保しておきましょう。
なお、確定申告を行う場合は専用の申告書用紙への記載や、計算明細書などを用いて所得金額の計算を行います。確定申告書は国税庁のホームページに掲載されており、印刷して利用できるほか「確定申告書等作製コーナー」から簡単に作成できます。
もし確定申告を初めて行うなど、不安がある場合は税理士などに相談しながら申告を行うといいでしょう。
※現在確定申告の納付期限に関しては、新型コロナウイルス感染症の影響もあり、期限の延長が行われています。最新の納付期限に関する情報は国税庁のホームページを確認してください。
会社の場合
会社の場合は定款によって決算期日を自由に定められることから、会社ごとに定めた決算から2ヵ月以内に納付します。これは、個人の場合1月1日から12月31日までとなっている課税時期が、法人の場合は定款によって決められた1年間となっており、その期の終わりに決算を行い、それから申告を行うためです。
もし事業年度が3月末日までの会社であれば、税金の支払いは5月末日までに行ってください。個人と違い支払いまでに猶予がないため、直前になってから慌てないよう早めに準備を行いましょう。
一方で会社の場合でも株式譲渡や事業譲渡のタイミングによって、支払いまでに1年程度の時期のずれが生じる可能性もあります。その場合は支払い時期に合わせて税額を予想し、資金繰りなど調整を行ってください。
会社売却によって得られる利益は事業所得として合算されるため、通常通り決算を行い法人税や消費税などを支払います。
まとめ
今回は会社売却を行う場合に、どのような税金が課せられるのか、その種類や税金の計算方法、また節税対策などを紹介しました。会社売却は株式譲渡や事業譲渡など、売却の方法によっても税金の種類や計算方法が変わってきます。
売却の仕方によっては税金の差額も大きくなるため、節税を前提として複数の方法で売却の検討を行うのがおすすめです。また売却方法は株式譲渡や事業譲渡のほかにもあるため、専門家のアドバイスを受けながら検討を行うといいでしょう。
