株式譲渡にかかる課税の仕組みとは?税率と計算方法、確定申告について解説

税理士 安江一将

会計コンサルティング会社・税理士法人及びベンチャー企業2社に勤務。会計コンサルティング会社・税理士法人では税務顧問・税務申告のほかに、事業承継支援業務、組織再編業務、IPO支援業務、M&A業務を数多く実行。ベンチャー企業では管理部長・経営企画室を歴任し、上場のための体制構築・実行支援を推進する。大手コンサルティング会社名古屋支社副支社長を経て2019年8月に安江一将税理士事務所として開業した後、さらにM&A業務を推進することを目的として株式会社M&A DXに参画し、現在に至る。

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株式は保有している間の配当だけでなく、売却したときに得た利益にも税金がかかります。株式譲渡益のことは知っていても、課税の仕組みや税率についてご存じない方も多いのではないでしょうか。あらかじめ税金の負担額を知っておくことは、事業計画を円滑に進めるために大切です。

そこでこの記事では、株式の譲渡益にかかる税金の計算方法や税率などを解説します。確定申告の有無なども合わせてチェックしておきましょう。

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本記事のポイント

  1. 譲渡益税を詳しく知りたい経営者向けの記事です。
  2. 譲渡益税の仕組みや税金の区分について解説しています。
  3. 譲渡益税の計算方法や確定申告などについても紹介していますので、納税対策の記事にもなっています。

株式の譲渡益にかかる税金とは?

株式の譲渡益にかかる税金とは?

株式譲渡とは、 会社が保有する株式を買手に譲渡し、経営権を移転させる手法で、保有していた株式を売却したときに発生する利益を株式譲渡益といいます。

例えば、1000万円で取得した株を3000万円で売却した場合、売却額から取得費を差し引いた2000万円が株式譲渡益に該当します。

株式譲渡の場合、売手と買手が株式譲渡契約書を締結し、株式の対価を支払った後に株主名簿の書き換えをするだけで手続きは完了です。他のM&Aの手法と比べると手続きが簡易であることから、中小企業におけるM&Aの多くは株式譲渡によって行われます。

株式の譲渡益にかかる税金の区分

株式の譲渡益にかかる税金の区分

株式の譲渡(売却)には税金がかかります。そのため、株式の売却に携わる場合には、あらかじめ納税の準備も進めておかなければなりません。

株式譲渡により発生する税金には、所得税、復興特別所得税、住民税、法人税の4つがあります。それぞれの税金の違いと特徴を解説します。

所得税

所得税は1月1日から12月31日までの一年間に得た所得に応じて課せられる税金です。個人が株式譲渡益を得た場合、その譲渡益に対して所得税が課税されます。

税率は所得の合計額によって変動しますが、株式譲渡の利益は分離課税となるため、所得の合計額に加算されません。そのため、譲渡益の金額とは無関係に、一律で15%の課税が行われます。これは上場株式・一般株式ともに同様です。

所得税は、株式譲渡にかかる税金の中で最も税率の高い税金となります。

復興特別所得税

復興特別所得税は、2011年の東日本大震災からの復興財源として設けられた特例の税制で、2013年から2037年までの24年間に限って徴収される期間限定の税金です。

復興特別所得税の税率は、所得税に対して2.1%に定められており、株式譲渡の利益に課せられる税率ベースに置き直すと0.315%となります。

住民税

住民税は居住している都道府県や市区町村に支払う地方税になります。その年の1月1日現在での居住地に納税するもので、住民税の税率は通常であれば10%です。しかし、所得税と同様に株式譲渡にかかる税金は分離課税となるため、税率は一律で5%となります。

法人税

法人が株式譲渡益を得た場合、その他の損益も含めて法人全体の利益に対して課税されるのが法人税です。法人税のほかにも、法人の所得に課税される税金には事業税や住民税があります。

法人税は累進課税方式で課税率が決定します。法人の株式譲渡による所得に対する税率は29~42%程度で、個人に対する税金よりも割高となっています。税額に一定の幅があるのは、法人の規模や年間法人所得によって適用される法人税などが変わるためです。ただし、一般株式と上場株式、いずれの株式でも適用される税率は同じです。

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株式譲渡にかかる課税の仕組み

株式譲渡にかかる課税の仕組み

株式譲渡の課税方式は「申告分離課税」と「総合課税」に分類されます。課税方式の違いをここでしっかり確認しておきましょう。

個人は申告分離課税

個人の株式譲渡益に対しては、その他の所得と合算することなく、別枠で税額を計算し、上場株式と一般株式も分離して課税金額を計算します。

申告分離課税は税負担を軽くするために特別に設けられているもので、株式等の譲渡所得のほかに、山林所得や不動産売却による譲渡所得などにも用いられます。

法人は総合課税方式

法人が株式譲渡益を得た場合、他の所得と合算した所得に対して税額が計算されます。累進課税で税額が計算されるため、合計所得が多くなればなるほど税率も高くなるのです。

株式の譲渡益にかかる税金の計算方法

株式の譲渡益にかかる税金の計算方法

株式譲渡益にかかる税率と税額の計算方法を事前に把握しておくことで、税金の負担額を想定できます。実際にどのように税額を計算するのか、ここで確認しておきましょう。

上場株式等と一般株式等は別々に計算する

上場株式は東証などの証券取引所に上場している株式のことです。この他に国債や地方債なども上場株式等に該当します。

対して一般株式等は、上場株式等以外の非上場企業などが交付する株式や私募株式投資信託の受益権などの株式等です。

上場株式等と一般株式等は同じ計算式で株式譲渡益を算出しますが、両者を損益通算することは認められていません。そのため、合算せずに別々に計算します。

計算方法

株式譲渡益は「譲渡収入金額-(取得費+譲渡費用)」で計算します。ここで計算した譲渡所得に対して税率を掛け、納付する税額を算出するのです。

譲渡収入金額は株式を譲渡したときの譲渡対価のことで、売手と買手で協議を行い、最終的な金額が決まります。

取得費は株式を手に入れる際にかかった費用のことです。創業者の場合、会社設立時に出資した資本金を取得費として計上できます。ほかにも、購入にかかった振込手数料なども取得費として認められるため、支払った際に受け取った領収書等はまとめて保管しておきましょう。

譲渡費用は株式を譲渡する際に支払った仲介手数料などの諸費用のことです。

この計算方法を用いて、実際に計算してみましょう。例えば、資本金1000万円で設立した会社を1億円で売却した場合、1億円から1000万円を引いた9000万円が譲渡所得になります。この譲渡所得に20.315%の税金が課税され、残りが手取り額です。

なお、取得費が不明な場合等には譲渡対価の5%を取得費としてみなす、みなし取得費の制度もあります。この他、資本金1000万円で設立した会社が3億円で売却できた場合には実際の取得費である1000万円よりも3億円の5%である1500万円の方が取得費として高くなるため、こちらを取得費とすることで譲渡所得を少なくすることが可能です。

また、相続や贈与で取得した株式の取得費は、相続時や贈与時の評価額ではなく当初の取得者の取得費を引き継ぐことも覚えておきましょう。
M&Aで株式譲渡を検討する際は、事前に計算を行い、最終的な手取り額を把握しておきましょう。

株式の譲渡益に税金がかかることは知っていても、税率や計算方法まで理解している人は多くありません。税金の計算方法をきちんと理解しておかないと、事前に想定した手取り額を大幅に下回ることもあり得ます。事前に計算をして手取り額を明確にしておけば、想定外の納税に驚かずに済むでしょう。

関連記事:「株式譲渡益とは|株式売却に対する課税の仕組みと計算方法

税率

個人の株式譲渡益にかかる税金には、所得税、復興特別所得税、住民税があります。それぞれの税率は、所得税と復興特別所得税が15.315%、住民税が5%となっており、合計で20.315%の税金が株式の譲渡益にかかるのです。

法人税の税率は利益額などによって変動するため、一律ではありません。法人税や事業税などを合わせると、税率は約30~35%です。

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株式の譲渡益に確定申告は必要?

株式の譲渡益に確定申告は必要?

確定申告とは、1年間の所得に課せられる税金を支払うための手続きのことです。会社勤めの個人は毎月の給与から所得税分が控除されているため、基本的に確定申告をする必要はありません。しかし、会社勤めをしている人でも、株式譲渡益を得たときは確定申告が必要になる場合があります。

ここでは、株式譲渡益が発生したときに確定申告が必要な場合と確定申告が不要となる場合について解説します。

基本的には確定申告が必要

確定申告が必要となる人は、以下の所得を得た個人と定められています。

・配当所得
・不動産所得
・事業所得
・退職所得
・譲渡所得
・山林所得
・一時所得
・雑所得

株式譲渡益は譲渡所得に該当するため、基本的には確定申告が必要です。株式の売買では損失が出る可能性がありますが、仮に損失が出たとしても、確定申告を行うことで配当所得や譲渡益などと通算できます。また、残った損失を繰り越すことも可能です。

確定申告の手続きを済ませた後に、納税です。所得税と復興特別所得税は税務署で翌年の3月までに確定申告を行い、納付します。

住民税は確定申告後に居住地を管轄する市町村が計算し、本人宛てに請求書が交付されるので、手元に届いたら請求書に記載されている期間内に定められた金額を納付しましょう。

確定申告で確定した所得税は、口座振替のほか、クレジットカードやコンビニ、ATMやインターネットバンキング、e-Taxなどで納付できます。

確定申告が不要になるケースがある

確定申告の対象となるのは、あくまでも株式の売却によって譲渡益が発生した場合のみです。株の売却額よりも取得費のほうが金額を上回っていて利益が生まれなかった場合は、確定申告をする必要はありません。

そのほか、源泉徴収がある特定口座の場合、NISAなどで運用している場合、譲渡所得が所得控除額を下回る場合も、確定申告は不要です。

余計な手間を避けるためにも、確定申告が不要になるケースを事前にきちんと把握しておきましょう。

取得費加算の特例

「取得費加算の特例」とは、譲渡した株式に対応する相続税額を「取得費」に加算できるという制度です。過去の相続税額を取得費に加えることで譲渡所得金額が抑えられ、譲渡所得税額が小さくなります。
ただし、本特例の適用を受けるための要件には以下があります。

(1)相続や遺贈により財産を取得した者であること。
(2)その財産を取得した人に相続税が課税されていること。
(3)その財産を、相続開始のあった日の翌日から相続税の申告期限の翌日以後3年を経過する日までに譲渡していること。

よって、相続した株式を譲渡する場合「取得費加算の特例」を使うとよいでしょう。

まとめ

まとめ

株式譲渡益は、個人と法人で税率や課税の仕組みが異なります。あらかじめ税率と税額の計算方法を知っておくことで、譲渡対価を設定することができ、無理のない事業計画を立てられるでしょう。

株式譲渡益は基本的に確定申告を行いますが、確定申告が不要になるケースも存在します。無駄な手続きが生じないように、納税方法を今一度確認しておきましょう。

関連記事はこちら「株式譲渡に関する税金の種類と計算方法」
関連記事はこちら「会社売却でかかる税金を徹底解説!節税対策や注意点も紹介」
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